A minha resposta parte do princípio de que _ estás a tentar acabar com a relação não importa o que_. Se pensa que pode querer salvá-la, ou se tem dúvidas, esta pode não ser a melhor abordagem a adoptar.
A situação em que se encontra é bastante sensível. Por um lado, sente-se como se a relação estivesse essencialmente morta e desejasse seguir em frente. Por outro, não quer acumular stress adicional na sua namorada à luz da recente morte do seu pai.
Parece claro que, após os acontecimentos detalhados no seu posto anterior, a relação está nos seus últimos passos. Além disso, também parece haver elementos que não estavam bem consigo em primeiro lugar (que influenciaram as suas decisões anteriores). Decidiu-se por querer seguir em frente e, neste momento, só lá está porque quer ser atencioso para com ela.
A minha opinião pessoal é que, embora ela ainda esteja a apoiar-se em si (talvez devido à familiaridade, ou talvez devido à proximidade), o resultado da situação não está realmente em dúvida. Depois de passadas algumas semanas desde o funeral, e o choque inicial da situação ter passado, eu faria a minha jogada.
A parte mais importante aqui não é necessariamente o seu timing (2 vs 3 semanas não importa realmente a IMO), mas mais o conteúdo da sua mensagem, e a forma como a transmite. Continuará com saudades do pai, independentemente de você estar por perto ou não. A questão aqui é que provavelmente não conseguirá atenuar de forma alguma a dor da sua passagem. Só pode ser atencioso na forma como se separa.
Sente-a para uma conversa privada, e seja honesto com ela. Diga que sente que a relação está irremediavelmente quebrada e que acha que seria melhor separar-se. Se acha que estaria aberto a tentar reacender as coisas, diga que está aberto a tentar reconstruir a confiança, mas que, entretanto, vai mudar-se e deixar-lhe o apartamento. Certifique-se de sublinhar que estará lá se ela quiser falar, ou precisar de alguma ajuda, mas que estará fora do apartamento até [prazo aqui].
Eu manteria a mensagem inicial curta, e basearia qualquer seguimento na reacção dela. Ela pode simplesmente acenar com a cabeça, e dizer que concorda. Ou ela pode perguntar-lhe porque é que está a desistir dela, etc. Esteja preparado para elaborar.
Tente manter-se calmo e recolhido em todos os momentos. Não levante a voz, e não mude de ideias. É pior dizer que estás a sair de casa e não a seguires, do que mudares de casa e depois voltares para dentro se as coisas melhorarem. Lembre-se que está a mudar de casa porque a situação actual está a tornar ambos (e especialmente você) miseráveis.